本发明公开了一种基于全卷积神经网络的田间小区自动分割方法，该方法基于无人机遥感平台获取小麦育种试验的无人机影像，构建全卷积神经网模型，在模型中引入注意力机制用于平衡数据集中类别分布不均衡的情况，之后使用图像细化以及直线检测等后处理算法对全卷积神经网络得到的边界提取结果行进一步的改进和完善，最后将训练好的全卷积神经网络模型和后处理算法部署至电脑端实现Windows操作系统下的育种小区边界提取系统，实现一套系统化、自动化的育种小区边界提取流程。本发明能够有效地缓解传统方法因小区内部阴影和杂草等原因造成的误分类现象，适用于基于无人机平台获取的遥感影像的育种试验边界提取问题。