本发明涉及道路交通管理技术领域，具体涉及一种高速公路收费异常稽核系统及方法，所述系统包括服务器，所述服务器包括以下模块：数据采集模块：用于获取通过车辆的收费数据和车辆图形识别数据；车辆筛选模块：用于根据车辆的收费数据和车辆图形识别数据，筛选存在数据异常的异常车辆；数据分析模块：用于还原异常车辆的实际行驶轨迹，并根据实际车型计算出异常车辆的稽核结果和实际应缴费用；以及补缴费用信息；费用通知模块；用于将补缴费用信息通过交警信息平台发送至异常车辆对应的车主，所述补缴费用信息包括补缴费用的指定地点和指定时间期限。本发明能够对高速公路收费异常稽核，避免司机受利益驱使采取各种手段偷逃通行费，造成经济损失。