本发明涉及一种考虑水环境因子变异的物种长期生存能力评估方法，包括：建立水电开发前天然河流水环境模型；建立水电开发后水库‑河流系统水环境模型；水环境模型结果验证；关键环境因子选取及环境因子变异度计算；建立基于水环境因子变异的目标物种种群动态模型；目标物种种群动态及长期生存能力评估。本发明针对水电开发等人类活动对水生脊椎生物影响存在累积性、持续性等特点，建立水环境模型，模拟水电开发前后环境因子的变化规律，识别水电开发对环境因子影响变异度，建立基于水环境因子变异的目标物种种群动态模型，考虑了目标物种对环境因子变异在种群动态层面的响应，实现了对变化环境中目标物种种群数量动态的长期预测。