本发明请求保护一种基于安全保护的档案管理方法和系统，获取包含定期更新的待管理档案的秘密状态信息，将秘密状态信息输入提前迭代的安全级别预测模型，得到待管理档案与档案用户之间的安全级别关系，依据安全级别关系，管理档案用户选择待管理档案，获取包含待管理档案的待调整档案元数据的待调整状态信息，将待调整状态信息输入提前迭代的档案元数据分析模型，并经档案元数据分析模型得到待调整状态信息中包含的待管理档案的待调整档案元数据信息。本申请实施例经安全级别预测模型和档案元数据分析模型运用在待管理档案的安全级别预测和档案元数据检测中，能够针对不同的目标和场景有更好的普适性，准确性和规律性也满足待管理档案感知要求。