一种燃气涡轮发动机，包括燃料电池组件、燃料源和涡轮机，燃料电池组件包括燃料电池堆并限定燃料电池组件操作参数。涡轮机包括以串行流动顺序布置的压缩机区段、燃烧器和涡轮区段。燃烧器被构造成接收来自燃料源的燃料流，并且进一步被构造成接收来自燃料电池堆的输出产物。控制器被构造成进行操作，该操作包括接收指示系统操作条件的数据，确定一组燃料电池操作条件以将系统排放输出移入排放范围中或将系统排放输出维持在排放范围内，和根据所确定的一组燃料电池操作条件，控制燃料电池组件操作参数。