本发明公开了一种用于在役海工混凝土桩基础的双向电迁修复的方法，包括以下步骤：构建以混凝土桩中的钢筋为阴极，石墨板为阳极的电解槽；配置含有阻锈剂的饱和的Ca(OH)2溶液作为电解液，加入氢氧化钠使电解液为碱性；将电解液注入电解槽中，在阴极和阳极之间通过导线接入交流电源，开始双向电迁移修复，电流密度为0.75～5A/㎡，当电解液PH小于7时，添加磷酸使其PH值增加至9，通电时间为20～28天后，结束通电。本发明采用方波电流进行电迁移实验，可以减少氢脆现象的发生，减小对钢筋力学性能的破坏，并且还能迁入更多的阻锈剂和迁入更多的氯离子，对钢筋有更好的保护效果。