本发明涉及一种燃料电池双极板胶粘剂及其制备方法，所述胶粘剂包括如下重量份的原料：耐溶剂环氧树脂30‑60份、疏水型环氧树脂20‑40份，增韧树脂20‑40份、增韧剂1‑5份、复合固化剂30‑50份、疏水型填料20‑40份；其中，所述复合固化剂包括柔性固化剂20‑40重量份和潜伏性固化剂6‑15重量份；本发明的制备方法通过将疏水型环氧树脂与增韧树脂发生高温接枝，在保持体系韧性的同时，提升了体系的交联密度与疏水性能，有效的解决了韧性与交联密度的矛盾；本发明的胶粘剂具有优良的韧性、粘结强度、气密性、耐溶剂性、耐水性，适于对多种类型的双极板的粘结密封，尤其适于对石墨复合板的粘结密封。