本发明公开一种基于亮暗通道先验景深估计的神经元提取方法及装置，方法包括：输入原始图像视频数据；计算原始图像视频数据的亮暗通道先验，利用两种先验估计原始图像视频数据景深对应的传输率；将原始图像视频数据以像素为单位点除景深对应的传输率，构建约束性非负矩阵分解的神经元提取框架；迭代求解神经元的相关参数，包括：空间位置及形状大小、动作电位及时序变化、背景，直至迭代结束，最终输出神经元的提取信息，包括：空间位置及形状大小、动作电位和时序变化。本发明能够快速估计与利用原始数据景深，有效地去除原始数据的散射，准确地提取神经元的空间位置及形状大小、动作电位和时序变化等特征信息。