本发明提供了一种定值文件不敏感的微应用版本一致性测试方法和系统，包括：基于文件路径获取被测微应用的所有文件，并采用信息摘要算法提取所有文件的特征向量信息，并记录在相应的初始比对基因文件中；将初始比对基因文件与原始基因文件进行比对，对文件进行分类，将被测微应用的文件的类型信息记录到相应的初始比对基因文件中，得到比对基因文件；基于比对基因文件结合对应的原始基因文件对分类后的文件按照不同的方法进行版本一致性判定；本发明利用文件路径和构造文件特征向量的方法，识别终端程序中可差异化配置的定值文件，实现了对布置于不同运营环境并适应于不同功能要求的配电终端的系统软件的一致性测试。