本发明涉及一种基于源代码水印的同源性检测方法及系统，通过预处理源代码，转换为抽象语法树，提取语法结构和语义特征；采用插件式架构，适应不同编程语言和框架，提取水印特征；对比源代码的语法、语义和水印特征相似度，设定阈值，判断是否具有同源性，避免误判；如有同源性，核验非混淆性质水印特征，如特定字符串、代码片段或算法实现。本发明具有快速、准确、灵活和稳定等有益效果，能够有效地应用于软件版权保护、代码安全审计等领域，对保护软件版权和保障信息安全具有重要意义。