本发明提供了一种多约束条件下水电站AGC分配优化方法，通过AGC分配系统由工业模块化、装置型硬件设备组成，采用专用控制器对AGC分配等逻辑进行运算，提高运算速率，实现AGC实时分配，针对高水头大变幅水电厂不同水头条件下实现振动区、限制运行区、可运行区动态调整，保障机组运行工况；根据用水量与负荷等位增长关系，优化用水量；利用预留裕度方式，防止机组频繁进出振动区，针对大容量的水力发电厂，采用工业模块化、装置型硬件设备，根据不同工况下的用水量与负荷等位增长关系，采用实时运算、振动区边缘运行规避方法，建立多约束条件下水电站AGC分配优化方法及系统，完善AGC控制调节功能，保障系统安全稳定运行。