本发明涉及负荷调控技术领域，更具体地，涉及一种分区电能质量最优化负荷调控方法及系统。该方案包括在待测的电网中设置若干个分区，对每个分区启动实时的电能质量检测，获得监测数据组；提取所述监测数据组计算功率检测数据组；提取所述监测数据组计算电压检测数据组；提取所述监测数据组计算频率检测数据组；根据所述功率检测数据组、所述电压检测数据组和所述频率检测数据组，在线获得最优的控制转换矩阵；根据所述最优的控制转换矩阵自动启动控制策略的切换。该方案以电能质量最优为目的实时分析最优的矩阵参数，进而获得电能质量综合指数最优的情况下的控制转换矩阵，形成对应的自动控制。