本公开涉及水处理技术领域，尤其涉及一种短流程含盐废水处理方法及系统。包括以下步骤：对原水进行预处理；将预处理后的原水加压至第一预设压力，并向加压后的原水中注入臭氧；将得到的进过加压和注入臭氧的原水采用内部具有中空纤维纳滤膜或中空纤维反渗透膜的过滤装置进行分离过滤，得到过滤浓缩水和产水；控制过滤浓缩水的压力，使得排出过滤装置的过滤浓缩水中的臭氧释放形成微纳米气泡，并将一部分过滤浓缩水注入原水中；分别控制产水和原水的压力，使得产水和原水中的臭氧于过滤装置内部释放形成微纳米气泡，以对中空纤维纳滤膜或中空纤维反渗透膜进行冲刷。脱盐和有机物去除同步进行且有效控制了膜污染。