本发明属于能量管理技术领域，公开了一种燃料电池无人机动力系统寿命优化的能量管理方法及系统，分析燃料电池内部损耗特性；分析蓄电池内部损耗特性；分析变换器的效率特性，建立变换器的损耗模型；基于极小值原理的能量管理策略，以系统内部损耗与等效氢耗量最小为目标函数，构建协态方程，求解哈密顿函数得到最优控制变量。本发明可以确保无人机在负载功率变化频繁的空中环境中，延长动力系统使用寿命；相对于ECMS算法，在系统等效氢耗方面优化4.04%；系统平均运行效率提升2.27%，蓄电池内部损耗减少30.3%，燃料电池系统内部损耗减少38.2%，同时增加了对负载工况的敏感性使得在燃料经济性方面有着良好的优化效果。