本发明公开了一种低温等离子体辅助低共熔溶剂提取木瓜蛋白酶的方法。所述提取方法包括如下步骤：以木瓜皮为处理原料，放入低共熔溶剂中，使用低温等离子体对其进行温和强度下破壁处理，低共熔溶剂溶解出蛋白酶，得到提取液；在提取液中加入保护剂，再经多级陶瓷膜分离、冷冻干燥，制得木瓜蛋白酶。现有技术相比，本发明方法采用低毒环保的低共熔溶剂联合低温等离子体共同提取木瓜蛋白酶，处理过程中低温等离子体在较短时间内导致细胞壁破裂，增加提取率，有效缩短提取时间，且酶活性得到提高，具有温度低、快速无残留、操作简单等特点。低共熔溶剂替代有机溶剂，不仅环保高效，成本低廉，操作简单，还可有效回收，适宜大规模生产。