本发明提供了MBR膜自动清洗装置，包括反应器和传动机构，反应器包括壳体和多个设置在壳体内的MBR组件；壳体上设有多个通槽，通槽与MBR组件一一对应；MBR组件包括第一盒体、第二盒体和MBR膜；传动机构带动第一盒体开口的一端滑入通槽。本发明中，待第一片MBR膜清洗完成后，安装回第二盒体，并通过传动机构将下壳体复位，然后对下一个MBR膜进行清洗；通过逐个对MBR膜进行清洗，不影响膜生物反应器的工作，从而能够提高膜生物反应器的工作效率。