本发明公开了一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法，涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤：S101，合并多个组别的单细胞转录组表达谱；S102，对合并后的单细胞转录组表达谱中的所有细胞进行分群；S103，对各细胞群进行细胞类型的鉴定；S104，筛选出同时存在于两个或两个以上组别的细胞类型，提取该细胞类型的共存表达谱；S105，根据所述共存表达谱计算出对应细胞类型的差异富集得分；S106，将所述细胞类型按照差异富集得分从大到小进行排名。本法买那个能够评估多组比较下单细胞表达谱差异大小与差异富集程度的确切指标，为科学选择后续研究方向提供依据。