本发明公开一种调控玉米籽粒脱水速率QTL片段、分子标记及其应用，所述QTL基因为Q41GN‑SL，其位于玉米的第4染色体上第71692121‑72086690位，其长度为395Kb，所述QTL片段的Chr4_S_71692121位点、Chr4_S_71944323位点、Chr4_S_72086690位点等位突变为C/T，Chr4_S_71692121位点、Chr4_S_71944323位点、Chr4_S_72086690位点同时表现为C等位变异时，玉米籽粒脱水速率较快。因此，本发明为玉米籽粒脱水速率快的单株选择提供了一种有效的分子辅助选择手段，可应用于玉米籽粒脱水速率遗传改良及其育种中，降低育种生产成本；通过对携带玉米籽粒脱水速率较快的等位变异的玉米单株有进行授粉保种，用于玉米制种，具有广阔的前景。