本发明提出了一种电子签名文件的签署方法及系统。所述签署方法包括：建立发送方终端和第一云系统之间的通信连接，所述第一云系统通过发送方终端发送的电子签名获取第一电子签名和第二电子签名；所述第一云系统将所述第一电子签名发送至第三云系统，将所述第二电子签名发送至第二云系统；所述第一云系统实时监测所述发送方终端是否发送签名请求，当所述发送方终端发出签名请求时，控制第三云系统和第二云系统分别利用第一电子签名和第二电子签名联合获取电子签名；通过第三云系统或第二云系统将所述电子签名发送至接收方终端，签署至电子签名文件上。所述系统包括与所述方法步骤对应的模块。