本发明提供了一种跨域动态口令身份安全认证系统及方法，该系统分别设置于安全等级不同的物理隔离的网域中，系统包括用户信息输入模块、预置参数模块、安全加密运算模块、动态口令输出模块；其中预置参数模块，用于设置预置参数，所述预置参数包括时间戳、随机数盐值；所述时间戳确保两个网域的系统时间保持一致；安全加密运算模块，用于通过加密算法生成动态口令。本方案系统结构简单，易于部署，能够有效实现不同网域间身份信任关系的传递，解决认证基础条件不一致的两个不同网域统一安全身份认证的问题。