本发明提供了一种在线主动诊断故障的智能健康管理方法，属于故障诊断技术领域。解决了微小故障因幅值较小不易被及时诊断的问题。其技术方案为：包括以下步骤：a.基于多性能指标权衡优化思想设计故障灵敏性观测器组，使得每个故障灵敏性观测器的输出残差信号对某一特定故障灵敏，同时对其他故障和干扰鲁棒；b.设计智能切换管理机制驱动观测器组主动有序切换；c.在观测器切换过程中，通过阈值法设计逻辑决策主动诊断微小故障。本发明的有益效果为：本发明不仅可以保证无故障情况下系统的良好性能，而且还可以及时检测出系统中的微小故障，并实现系统残差信号只对某一特定故障灵敏而对剩余其它故障均鲁棒的目的。