本发明涉及一种在基体材料上制备超高温陶瓷防护层的方法及由此制得的陶瓷基复合材料；所述方法包括如下步骤：(1)在真空环境下，通入氢气对基体材料进行高温处理，得到经高温处理的基体材料；(2)以超高温陶瓷作为靶材，在真空环境下通过脉冲激光沉积法在经高温处理的基体材料的表面进行沉积，由此制得超高温陶瓷防护层；在进行沉积的同时，通入碳源气体进行高温退火。本发明制备的超高温防护层更有利于提升陶瓷基复合材料的耐高温性能、高温力学性能以及抗氧化性能。