本申请公开了一种多源异构数据的处理方法及装置。该方法中，对多源异构数据进行处理获得第一数据集；基于所述第一数据集中的数据的安全参数，对所述第一数据集中的数据进行相应的标记获得第二数据集，并确定所述第一数据集中的数据的加密指标；对所述第二数据集中的数据按照与所述加密指标对应的加密方式进行加密，获得第三数据集；将所述第三数据集中的数据的按照主题分类存储在所述目标数据库。如此，通过对多源异构数据的处理，根据安全参数对已处理的多源异构数据进行标记，基于确定的加密指标对已标记的多源异构数据进行加密，并将已加密的多源异构数据按主题分类存储在目标数据库，一定程度上提高了多源异构数据的合规性和安全性。