本发明提供一种柔性直流输电线路保护方法和系统，其通过采集柔性直流输电线路本侧的电压模分量值和电流模分量值；当保护装置检测到故障并启动后，根据所述电压模分量值、电流模分量值和负荷电流确定故障突变结束时刻，以及电流突变量由正变负的时刻；再根据所述电压模分量值，电流模分量值，保护装置启动的时刻，故障突变结束时刻和所述电流突变量由正变负的时刻确定预设的电压差分积聚量判据、负电流突变量积分判据和电流方向判据确的判据结果；最后根据判据结果确定所述保护装置的保护动作输出结果。所述方法和系统能可靠、快速识别和区分区内故障及区外故障的故障特征，有效提高了混合直流输电线路主保护的灵敏性、可靠性和可选择性。