本申请公开了一种藻类密度、生物量与叶绿素a的快速估算方法及系统，包括以下步骤：分别为不同种属的藻类构建细胞体积模型、生物量与叶绿素a模型、藻类目标检测模型和研发群体性藻类细胞统计算法；基于显微镜图像，检测藻类种属细胞并且统计细胞个数；结合相机拍摄视野数和样品分析流道体积，计算藻类密度；基于藻类种属和它的细胞个数，结合藻类细胞体积模型，计算藻类生物量；基于各种属的藻类生物量，结合生物量与叶绿素a模型，计算叶绿素a含量；基于各种属的藻类生物量和藻类密度，计算当前样品藻类的优势种属。通过离线建模和在线分析相结合的方式，实现了基于显微镜图像下的藻类密度、生物量和叶绿素a的快速计算与测定。