本发明公开了一种增强型单体StayGold蛋白及其应用，涉及重组蛋白技术领域，该增强型单体StayGold蛋白序列为野生型二体StayGold蛋白的突变序列，且所述突变序列中的突变为N137、Q140、Y187中至少一个氨基酸进行突变成任意氨基酸。本发明首次提供了一种新的单体的StayGold蛋白，mStayGold，该绿色荧光蛋白具有很强的热稳定性和荧光强度，其Tm约为95℃，比市场上常用的EGFP的Tm值高出15℃，与二体的StayGold的热稳定相当，产量也高出2.5倍；其荧光强度也比常用EGFP的荧光强度高5倍。其单体的性质解决了其野生型二体蛋白在与目标蛋白融合进行追踪和定位目标蛋白时因自身聚集状态影响标记和定位的功能，在指导蛋白表达、细胞定位等应用中具有更好的应用场景。