本发明涉及病死禽畜无害化技术领域，尤其涉及一种病死禽畜干制酶解无害化处理系统，包括：第一收集模块，其用以收集病死禽畜；干制模块，其用以对病死禽畜进行干制；分筛模块，其用以将各类别的干制预混料进行分筛，以形成分筛干制预混料；酶解模块，用以将各分筛干制预混料进行酶解，以形成对应类别的酶解料；若干第二收集模块，其用以将酶解料进行回收；隔离模块，其用以将第一收集模块进行隔离，且，将废气进行收纳；控制模块，其用以控制各模块运行；本发明利用设置上述模块的方式，对干制完成的病死禽畜进行分解，在有效提升了酶解针对性的同时，有效避免了病死禽畜的二次污染。