本发明提供了一种CNV判读的处理方法、装置、电子设备与存储介质，包括：获取待测样本；将待测样本中各探针区域的信息代入预先标定的指定关系，得到所述待测样本中各探针区域的肿瘤序列计数评估信息；所述指定关系表征了：对应探针区域的肿瘤序列计数评估信息与以下信息的量化关系：对应探针区域内各箱中序列的数目；对应探针区域内各箱中肿瘤细胞的序列的数目；对应探针区域内各箱中正常细胞的序列的数目；基于部分或全部待测样本的肿瘤序列计数评估信息，判读对应待测样本是否为CNV的阳性变异。