本发明公开了一种过程层设备配置文件的在线校核的方法及系统，包括：获取智能变电站的全站SCD文件和过程层设备CCD文件；计算所述SCD文件中相应过程层设备的虚回路校验码，以获取第一CRC校验码；基于所述CCD文件对应的CRC id提取所述CCD文件中相应的虚回路校验码，以获取第二CRC校验码；当所述第一CRC校验码和第二CRC校验码校验一致时，确定第三CRC校验码；对所述SCD文件中测控装置IED模型信息中的Inputs节点进行分析，确定与目标校核装置IED模型相连的目标测控装置和虚端子信息；对目标测控装置IED模型信息进行分析，并基于所述虚端子信息获取第四CRC校验码；校核所述第三CRC校验码和第四CRC校验码，获取校核结果。