本发明公开了一种基于全同态加密的密文处理系统及方法，该系统包括：用户端和服务器端，其中：用户端包括：加解密模块、密钥管理模块、通讯模块和前端展示模块，服务器端包括：通讯层、控制层、计算层和数据库；使用该系统可以将原始数据在用户端进行全同态加密发送至服务器端，服务器端对数据进行密文存储和全同态运算，最终将密文运算结果发送回用户端，由用户端进行全同态解密，得到需要的处理结果；实现了服务器在不获取数据原始信息的情况下进行密文状态下的数据处理及存储，解决了现有方案中采用明文存储及传递信息方式造成数据安全性不高的问题，并且本发明支持在一台服务器上操作，也提高了效率，降低了成本。