本发明公开了食品包装间低温净化技术领域的食品包装间低温净化系统及其净化方法，包括防护壳，所述防护壳的前侧开设有两个进气口，且所述防护壳的后侧连接有用于压缩制冷气体的制冷机构，所述进气口内侧设置有用于密封进气口的开合机构，两个所述进气口的后侧均设置有过滤网板，右侧所述过滤网板固定安装在右侧进气口的后侧；本发明通过在每次对进入食品包装间的气体进行净化降温时，利用两个进气口配合开合机构、检测机构、更换机构，自动检测过滤网板的堵塞情况，并在不停机的情况下自动更换新的过滤网板，保证气体时刻经过净化降温处理向食品包装间通入，有利于食品的包装。