本发明提供了一种纳米纤维素基抗紫外农药微胶囊及其制备方法，属于农药微胶囊技术领域。本发明以纳米纤维素、柠檬酸、半胱氨酸作为原料，在多重脱水反应下，柠檬酸和半胱氨酸产生高荧光共轭化合物，与纤维素结合形成含有柠檬酸/半胱氨酸基荧光团的荧光纳米纤维素。本发明使用荧光纳米纤维素、多异氰酸酯类化合物作为囊壁原料，通过乳化作用，将生物农药包埋于乳液中；使用多元胺或多元醇作为固化剂，在固化反应过程中，多异氰酸酯类化合物与多元胺或多元醇反生交联反应，与荧光纤维素形成囊壁，将柠檬酸/半胱氨酸基荧光团引入囊壁中，能够提高纤维素基微胶囊的紫外线吸收能力，从而提高生物农药的抗紫外光解性能。