本发明提供一种适用于番茄的育苗基质及其制备方法，原材料包括尾菜、木屑、树枝叶、牛粪和生蚝壳等可再生资源。步骤如下：将部分废弃物原料进行预处理后按一定份数混合，接种菌剂得到发酵物料，调节发酵物料的碳氮比和酸碱度至适合数值后放入温控分子膜好氧发酵槽进行发酵，发酵完成后再加入适量生蚝壳粒混合，最后接种芽孢杆菌得到适用于番茄育苗基质。所述制备方法具有绿色环保、价格低廉、可持续性强的特点。以尾菜作为育苗基质有机物的主要来源，低成本易获取的生蚝壳粉作为矿物质元素的补充来源，生蚝壳粒替代蛭石和珍珠岩实现基质的透气和保水，从而整体改善了基质的物理化学性状，优化和提高基质的育苗效果以及苗体所种植得到的果实品质。