本发明公开了一种面向高速公路混合交通流的车辆协同合流控制方法、设备及存储介质，控制方法包括：确定车辆实时合流序列；如果合流序列中不存在HDV，以CAV让行CAV为原则，通过速度控制模型控制CAV‑CAV之间进行协作合流；如果合流序列中存在HDV，但不存在连续HDV，以CAV让行HDV为原则，通过速度控制模型控制CAV‑HDV之间进行协作合流；如果合流序列中存在连续HDV，以匝道HDV让行主线HDV为原则，通过智能可变速度指示牌提示HDV按照预设速度行驶，引导HDV平稳合流。本发明优化了合流区车辆的合流顺序，并提出相应的协作合流控制算法，提高了合流效率，减少了燃油消耗。