本发明公开了一种分布式保护的子机识别码设置方法及系统，分布式保护主机具有与N个子机分别连接的N个通讯端口；分布式保护主机为N个通讯端口设置不同且固定的基准识别码，N个通讯端口实时向对应的子机下发基准识别码；分布式保护主机中设置识别码更新命令，当触发更新命令后，子机将收到的基准识别码更新为子机识别码并存入存储器中。本发明通过主机下发识别码的方式进行子机识别码设置，方法简单便捷，提高了分布式保护在工程应用中的便捷性和调试效率。