本发明涉及凉果加工废水处理技术领域，具体涉及一种凉果加工废水有机物深度处理设备及方法，通过采用耐酸菌降解与Fenton相结合的凉果废水处理技术，依靠耐酸菌直接处理酸性凉果废水，代替加碱调节pH及混凝沉淀预处理，后续由Fenton与耐酸菌降解深度处理，工艺流程依次为：调节池→耐酸菌降解池→沉淀池→Fenton氧化池→耐酸菌降解池→Fenton氧化池→沉淀池→生物滤池。与传统凉果废水处理技术相比，本发明提出的凉果废水处理方法能够实现高标准出水排放，显著降低出水COD及色度。