本发明公开了一种基于植被生态网络的生态供水优先级划分方法及系统，以土地利用类型数据为基础，计算不同种土地覆盖类型图斑的面积，筛选出面积大于阈值的图斑，以图斑的质心坐标为圆心建立与图斑等面积的圆形缓冲区视为生态源地；并根据地形、NDVI、地表覆被类型等多源数据设置区域的阻力面。在此基础上，利用最小阻力模型提取生态廊道。进而根据待决策区域每个生态闸门的供水区域所涵盖的生态源地个数、生态廊道密度以及所处河道的弯曲程度，对各生态闸门进行供水优先级划分。如此，本发明能够为后续建立待决策区域生态调度模型建立基础，对于区域生态水权的配置，尤其是缺水地区的生态水权配置具有重要意义。