本发明公开了一种新能源电站的功率预测偏差补偿方法及系统，包括：获取发电系统的实际发电功率、发电预测系统的短期功率预测区间和超短期功率预测区间、储能系统的实时SOC、预设SOC上限值和预设SOC下限值；根据发电系统的实际发电功率、发电预测系统的短期功率预测区间和超短期功率预测区间确定实际发电功率所属的功率预测区间；根据实际发电功率所属的功率预测区间、储能系统的实时SOC、预设SOC上限值和预设SOC下限值确定储能系统是否进行功率预测偏差补偿；当储能系统进行功率预测偏差补偿时，根据实际发电功率和实际发电功率所属的功率预测区间计算储能系统的充放电功率。本发明在提高功率预测偏差补偿的准确性的同时实现了储能系统的高效利用。