本发明涉及一种杧果品种特异性SSR分子标记引物，至少包含以下12对SSR引物之一：Mgi026、Mgi037、Mgi060、Mgi061、Mgi070、Mgi073、Mgi081、Mgi084、Mgi135、Mgi145、Mgi154、Mgi187；该引物可以应用于杧果种质资源遗传多样性分析和分子身份证构建，先收集待测植株健康叶片提取DNA，提取的DNA作为模板进行SSR分子标记PCR扩增，PCR扩增产物经过纯化后进行荧光检测，收集原始数据计算遗传多样性指标和多态性信息含量，将每对引物获得的等位基因数按从小到大顺序排列，获得每份种质特有的字符串，得到分子身份证。本发明利用接头引物M13与12对SSR引物合成TP‑M13‑SSR荧光引物，对145份杧果种质及其近缘野生种进行扩增，可以为杧果的亲缘关系分析及种质鉴定提供研究数据。