本发明涉及质子交换膜燃料电池参数估计方法及系统，其中的质子交换膜燃料电池参数估计方法包括以下步骤：构建质子交换膜燃料电池的模型，得到待估计的未知参数；以模型的输出电压和测量值之间的平方和误差为目标，构建目标函数；基于白头鹰搜索算法得到目标函数的最佳优化结果，即为所需的未知参数。利用白头鹰搜索算法(BES)提取质子交换膜燃料电池(PEMFC)模型中的最优参数，所构建的目标函数为未知参数构成的模型确定最佳参数，并最小化模型与数据之间的误差，将参数估计过程转化为函数的迭代优化过程。