本发明公开了一种燃料电池内部过氧比计算方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)根据气体、湿度和温度假设建立基于燃料电池九阶模型的六阶过氧比特征模型；(2)据此模型构建高阶滑模观测器的模型估计部分；(3)根据模型特征、参数近似假设、燃料电池进口气体组分进行参数融合降阶，从而降低输出注入分配矩阵的运算成本；(4)通过动态分配阴极气体输出注入项对输出注入向量进行重构，得到燃料电池内部状态估计，进而计算出实时过氧比。本发明不仅能够大幅减小滑模观测器的运算成本，同时具有较好的动态响应以及较小的稳态误差，保证了燃料电池过氧比估计的实时性和准确性。