本发明公开了一种基于图卷积网络的能源互联网优化重构方法及系统，首先以重要负荷失电率最小化的目标函数，构建大功率缺额下的能源互联网优化模型。然后，基于图卷积神经网络算法构建以负荷失电率为经济性评价指标的经济成本评估网络，在此基础上构建一种新的考虑负荷失电率指标约束的能源互联网优化重构模型，采用水循环算法对构建的能源互联网优化重构模型进行求解，得到最优网络拓扑，实现对能源互联网的有功支撑与紧急频率控制，保障了能源互联网系统运行的安全性与经济性。