本发明涉及电子设计自动化技术领域，特别是涉及一种引脚匹配方法及系统，该方法通过计算引脚矩阵中的行坐标，根据行参考间距和选取的初始的参考行坐标计算成整数倍关系的行坐标及其关联的行引脚总数量，将不成整数倍关系的候选行作为新的初始参考行坐标继续计算成整数倍关系的行坐标及关联的行引脚总数量，将不同模式对应的行引脚总数量与对应的列引脚总数量进行组合，行引脚总数量和列引脚总数量之和最大的组合对应的引脚为正确的引脚，通过该方法能够自动的匹配出哪些引脚的位置是正确的，哪些引脚的位置是错误的，解决了依靠肉眼识别偏离引脚导致无法及时有效识别的问题。