本发明公开了重组新型冠状病毒S蛋白三聚体疫苗组合物及其应用。所述疫苗组合物含有重组新型冠状病毒S蛋白三聚体和免疫佐剂(CpG佐剂和/或铝佐剂)。利用本发明重组新型冠状病毒S蛋白三聚体制备的疫苗组合物能够有效诱导机体产生细胞免疫和体液免疫。通过测定中和抗体滴度，结果显示该疫苗可以产生高水平IgG，针对不同新冠毒株(Wild‑type株、Beta突变株、Delta突变株)中和抗体滴度高，对上述野生株和变异株均具有中和保护效果。可用于预防新型冠状病毒(SARS‑CoV‑2)感染和/或治疗由新型冠状病毒所致疾病，为新型冠状病毒SARS‑CoV‑2疫情的防控提供技术保障。