本发明公开了一种新能源机组的控制方法及系统，包括：进行新能源机组的故障时段划分，包括：控制保护电路投切时段、故障期间平衡阶段、故障恢复的延时阶段和故障恢复阶段；对于控制保护电路投切时段进行建模，分别确定Chopper支路和Crowbar电路投入时的IGBT控制信号；确定新能源机组的有功响应曲线和无功响应曲线；基于所述有功响应曲线和无功响应曲线对故障期间平衡阶段、故障恢复的延时阶段和故障恢复阶段进行建模，以分别获取故障期间平衡阶段、故障恢复的延时阶段和故障恢复阶段对应的控制指令；基于故障期间平衡阶段、故障恢复的延时阶段和故障恢复阶段对应的控制指令确定PWM控制信号；基于IGBT控制信号和PWM控制信号对新能源机组进行控制。