本发明提供一种结直肠癌基因突变的智能识别方法，包括：步骤一、提取得到目标DNA，对每个目标DNA至少设计两个结合目标DNA的探针及合宜的引物，制备对应的引物探针混合液；其中，所述引物的核苷酸序列的碱基类型为三种，所述引物上修饰有小分子化合物和能形成三维结构的核苷酸序列；步骤二、进行目标DNA的数字PCR反应；步骤三、根据所述目标DNA、引物三维结构的核苷酸序列图像、数字PCR反应聚类分析结果等进行神经网络模型的构建；步骤四、将待测人员的相关数据输入到构建的神经网络模型进行判定分类，得到待测人员结直肠癌基因突变的智能识别输出结果。本发明对结直肠癌基因突变的检测准确性高且具有高效性。