本发明涉及一种跨单位主体电子凭证防重复报销方法及装置，所述方法包括接收各单位主体的数字证书，并组成用于匿名数字签名的密钥信息存储至数据库；当有待报销电子凭证时，查询其报销状态及匿名数字签名，验证其真实性，当待报销电子凭证报销状态为未完全报销时，生成仅包含凭证标识和报销状态的数据报文；进行匿名签名生成签名信息；对数据报文及签名信息进行验签，将验签通过的数据报文存储至数据库。本发明能够兼顾保护单位主体的报销隐私和电子凭证报销状态的真实性，使得单位主体仅向外提供电子凭证的唯一标识及该电子凭证的报销状态，而不提供任何单位主体信息，可以在保护单位主体隐私不向外暴露的同时防止电子凭证跨单位主体报销。