本发明属于多能流系统技术领域，提供了一种计及源荷不确定性的多能流系统优化配置方法及系统。该方法包括，确定等效不确定量波动范围；基于信息间隙决策和条件风险价值理论，结合确定性优化配置模型，构建多能流系统优化配置模型；以决策者能够承受的最大损失为限制条件，根据设置的风险系数和规避系数，构建总规划成本的目标函数；基于电热冷气负荷数据，风电光伏出力数据以及设备参数数据，在等效不确定量波动范围最大的条件下，根据总规划成本的目标函数和不确定变量模型，结合约束条件和多能流系统优化配置模型，构建计及源荷不确定性的多能流系统优化配置模型；求解计及源荷不确定性的多能流系统优化配置模型，得到多能流系统优化配置方案。