基于序阻抗差异的不对称故障下新能源电源的识别方法及系统，保护装置实时采集三相电流和三相电压，并计算得到负序电流电压、零序电流电压和正序电流电压；保护启动后，判别不对称故障类型；接地故障时，比较负序阻抗与零序阻抗的模值差异和阻抗角差异，判别保护背后电源的故障特性；相间故障时，比较负序阻抗与正序阻抗的模值差异，结合负序阻抗和正序阻抗的阻抗角与线路正序灵敏角的差异，判别保护背后电源的故障特性；判定保护背后为新能源电源，实现基于序阻抗差异的不对称故障下新能源电源的识别，有利于提升新能源接入电力系统下的继电保护安全可靠性。