本发明涉及微生物发酵技术领域，尤其涉及一种吡咯喹啉醌二钠的制备装置及其制备方法。包括菌种发酵部，所述菌种发酵部用于对生丝微菌菌种或种子培养物进行培养，所述菌种发酵部的一端连接有粗提取部，所述粗提取部用于对生产原料进行第一次粗提取。本发明通过缓慢搅拌机构的结构设计，使得在加料的过程中第二安装板在整体转动的同时搅拌棍自身可进行自转，以此实现一边加料一边对原料进行整体与单点的搅拌，使得搅拌更加充分均匀,通过提供的生丝微菌遗传形状稳定，重现性好，放大易于实现，本发明的生丝微菌发酵制造吡咯喹啉醌的方法，综合调整了发酵配方、发酵控制工艺，并且针对甲醇进行补加。